میکروسکوپ فلورسانس بازتاب داخلی کلی به دلیل کاربرد در تصویربرداری از سطح با ضخامت حدود 200-100 نانومتر روشی مناسب برای بررسی فرایندهای سلولی، به­ویژه در نزدیکی غشای سلول زنده، است. در این پژوهش، یک میکروسکوپ فلورسانس بازتاب داخلی کلی بر پایه منشور طراحی شده است. به منظور بهینه­سازی چیدمان آزمایشگاهی، از یک باریکه‌گستر  برای موازی سازی و گسترده نمودن سطح نوردهی به نمونه، و از روغن شناوری نیز به­عنوان لایه میانی استفاده شده تا اتلاف ناشی از پراکندگی و جذب نور ضمن عبور از محیط­های با ضریب شکست متفاوت کاهش یابد. هم‌چنین یک قطبشگر و تحلیلگر جهت کنترل شدت و قطبیدگی نور تابشی و بررسی میزان پایداری توان لیزر در بازه­های مختلف زمانی و مکانی به کار برده شده است. چیدمان آزمایشگاهی برپا شده برای تصویر برداری فلورسانس بازتاب داخلی کلی از محلول رنگدانه‌های رودامین (Rd6G) مورد استفاده قرار گرفته است.